اختلال در دستگاه ایمنی
حساسیت (آلرژی)
حساسیت یا آلرژی از اختلالات دستگاه ایمنی بدن است. در این حالت، بدن در برابر آنتی ژن بیش از حد واکنش می‌دهد. به پادگنی که موجب پاسخی به این شدت از طرف دستگاه ایمنی شود، ماده حساسیت زا یا آلرژن گفته می‌شود. دانه‌های گرده برخی گیاهان، گرد و خاک و برخی مواد شیمیایی می‌توانند ماده حساسیت زا باشند.
هنگامی که فرد برای نخستین بار در معرض یک ماده حساسیت زا قرار می‌گیرد، لنفوسیت‌های B او فعال شده و پادتنی را ترشح می‌کنند. این پادتن، پس از ترشح، بر سطح ماستوسیت‌ها قرار می‌گیرند. در صورتی که فرد بار دیگر در معرض همان آلرژن قرار گیرد، پادگِن(آنتی‌ژن) های آن به پادتن‌های موجود بر سطح ماستوسیت‌ها می‌چسبند. این موجب می‌شود تا سلول ماستوسیت گرانولهای حاوی میانجی‌های التهابی به خصوص هیستامین را آزاد کند، آزاد شدن این میانجی‌ها علایم حساسیت را به دنبال دارد: تورم، خارش، آبریزش بینی و چشم، قرمزی، تنگی نفس، و…
خود ایمنی
در این نوع اختلال، دستگاه ایمنی بدن سلول‌های خودی را بیگانه تلقی کرده و به تخریب آن‌ها می‌پردازد. این واکنش ممکن است در اثر تولید نابه‌جای پادتن‌هایی باشد که علیه مولکول‌های سطح سلول‌های بدن ترشح می‌شوند. بیماری‌های خود ایمنی ممکن است بر بخش‌های مختلفی از بدن تأثیر بگذارند. به‌طور مثال، در بیماری ام‌اس دستگاه ایمنی به پوشش اطراف سلول‌های عصبی مغز و نخاع حمله می‌کند. دیابت نوع یک نیز نوعی بیماری خود ایمنی است که در آن جزایر لانگرهانس پانکرآس مورد تهاجم قرار می‌گیرد و بیماری لوپوس منجر می شود.
نقص ایمنی
گاهی ممکن است در یک یا تعدادی از اجزای دستگاه ایمنی نقصی بروز کند. نقص ایمنی ممکن است مادرزادی یا در اثر عوامل محیطی (اکتسابی) باشد. ایدز مثالی بارز از نقص ایمنی اکتسابی است که در آن سلول‌های T کمک‌کننده مورد تهاجم قرار می‌گیرند و موجب تحلیل قدرت دفاعی بدن می‌شوند. برخی افراد نیز به‌طور مادرزاد فاقد غده تیموس هستند که موجب اختلال در بلوغ لنفوسیت‌های T می‌شود.
